Das 16. Jh. war das Jahrhundert der Reformation und der Gegenreformation. Luther war gegen den Ablaßhadel. Es widersprach der kirchlichen Lehre. Am 31.10.1517 heftete Luther die 95 Thesen an die Stadtkirche zu Wittenberg. Er forderte die Gelehrten auf sich dem Ablaßhandel zu widersetzen. 1521 auf dem Reichstag zu Worms sprach Kaiser Karl der V. die Reichsacht über Luther aus. Er rette sich auf die Wartburg und nannte sich "Junker Jörg", in der Zeit übersetzte er das Neue Testament. In der Folgezeit schlossen sich auch andere Geistliche z.B. Prof. Karlstadt, Melanchthon u. Pfarrer Thomas Münzer Luthers Meinung an. Es kam zum Aufstand der Reichsritter (1523), zu den Bauernkriegen (1524/25) und 1546/47 zu Schmalkaldischen Krieg. 1529 Reichstag zu Speyer, 1555 Augsburger Religionsfriede, 1556 Abdankung Karls des V. Er ging ins Kloster und starb 1558. Der Nationalstaat setzte sich gegenüber dem Reich durch und ließ die Kirchenspaltung zu.
Sein Bruder Ferdinand wurde 1556 noch zum Römischen Kaiser gewählt. Er sicherte den Religionsfrieden in seiner Regierungszeit ab, 1557 fand noch ein Religionsgespräch statt. Die protestantischen Fürsten lehnten den Kompromiss des Kaisers ab, und 1563 beginnt die Gegenreformation in Bayern und verteilt sich über das gesamte Reich.1564 stirbt Ferdinand I.
Nachfolger wird sein Sohn Maximilian II, er verhielt sich in Religionsfragen neutral. Er war Bestrebt die beiden Religionen wieder zu vereinen, dieses mißlingt ihm, unter seinem Nachfolger Rudolf II (1576 - 1612) eskalieren die Streitereien und enden letztendlich in den 30 Jährigen Krieg (1618-48).
Die Nachfolge im Kaisertum trat sein Bruder Mathias(1612-1619) an, er wollte die Reichautorität der Habsburger wieder herstellen.
Die Reformation beflügelte die Kultur und den Humanismus. In der vorbeschriebenen Zeit lebten die Maler Grünwald und Dürer sowie Lucas Cranach und Hans Sachs. Die Städte verarmten, das Gewerbe verfällt und die Reichsautorität schwindet; große Führungspersönlichkeiten fehlen. Die kleinen Leute z.B. die Bauern wurden von der Obrigkeit ständig bedrängt, es war für die einfachen Leute keine leichte Zeit, weil die Fürsten immer mächtiger wurden, und der Zehnt und die Lehensabgaben ständig stiegen.
Die Fürsten festigten im Reich unbemerkt ihre Macht, sie bauten in ihren Ländern eigene Verwaltungsstrukturen auf, in der Außenpolitik waren sie darauf bedacht ihr Territorien durch Heirat, Erbschaft und Prozesse zu erweitern.

1582 wurde der Kalender reformiert zu unser heutigen Zeitrechnung, der Übergang geschah vom 04.Okt. bis 15.Okt.,die Einführung war nicht überall gleichzeitig. Im Erzbistum Köln fand die Einführung des neuen Kalenders im November statt. Die Leute gingen am 4. November ins Bett und erwachten am nächsten Tag den 15. November.
1583 Kölner Bistumskrieg die kath. Seite siegt, der protestantische